Εκτός από την παροχή σύγχρονης ποιοτικής εκπαίδευσης, το Πανεπιστήμιο Αιγαίου επικεντρώνει τις δραστηριότητές του και στην καλλιέργεια και προαγωγή της βασικής και εφαρμοσμένης έρευνας. Η σύνδεση με Ελληνικά και ξένα Πανεπιστήμια, Ερευνητικά Κέντρα και Επιχειρήσεις, τα άρτια εξοπλισμένα εργαστήρια, η υψηλή ποιότητα του ερευνητικού και επιστημονικού προσωπικού έχουν οδηγήσει στα εξαιρετικά αποτελέσματα που το Πανεπιστήμιο Αιγαίου έχει να επιδείξει στον τομέα αυτόν.

Η ερευνητική πολιτική του ιδρύματος συνίσταται στην υποστήριξη κάθε ερευνητικής πρωτοβουλίας. Πρόκειται για μια πολιτική η οποία υποστηρίχτηκε από όλες τις Διοικήσεις του Πανεπιστημίου Αιγαίου, και αφενός μεν έδωσε τη δυνατότητα σε όλο το προσωπικό του Πανεπιστημίου που ασχολείται με την έρευνα να αναπτύξει ερευνητικές πρωτοβουλίες, αφετέρου δε οδήγησε στη δημιουργία θυλάκων γνωστικών αντικειμένων, που αποτέλεσαν σημεία ανάπτυξης της έρευνας και καταξίωσης του Πανεπιστημίου στο διεθνή ερευνητικό χώρο. Οι επιστημονικές περιοχές έντονης ερευνητικής δραστηριότητας στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου περιλαμβάνουν τις επιστήμες και τεχνολογίες περιβάλλοντος, τις κοινωνικές επιστήμες, τις οικονομικές επιστήμες και την επιστήμη της διοίκησης, τις τεχνολογίες πληροφορικής και επικοινωνιών, τα μαθηματικά και τη μαθηματική φυσική, τις ανθρωπιστικές επιστήμες και τις επιστήμες της εκπαίδευσης. Επιπλέον, η έρευνα στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου συνέβαλε σημαντικά και στην επίλυση προβλημάτων τοπικής κλίμακας, συνδέοντας έτσι τη λειτουργία του Πανεπιστημίου με τις τοπικές κοινωνίες των νησιών τα οποία υποδέχονται τα διάφορα Τμήματά του. Παράλληλα, συνέβαλε στη δημιουργία επιστημονικού δυναμικού υψηλής στάθμης που μπορεί να συμβάλλει ουσιαστικά στο χώρο της έρευνας, της πανεπιστημιακής εκπαίδευσης και της παραγωγικής διαδικασίας.

Ταυτόχρονα, το Πανεπιστήμιο Αιγαίου στην ανάπτυξη της δραστηριότητάς του δε θα μπορούσε να αγνοήσει τη σημασία της βασικής έρευνας. Δεδομένου ότι οι διατιθέμενοι πόροι για τη βασική έρευνα είναι περιορισμένοι, το ίδιο το Πανεπιστήμιο έχει χρηματοδοτήσει πολλά ερευνητικά έργα μελών της ακαδημαϊκής κοινότητας. Την ευθύνη της διαμόρφωσης ολοκληρωμένης πρότασης προς τη Σύγκλητο με θέμα την ερευνητική πολιτική του Πανεπιστημίου, αλλά και την ευθύνη υλοποίησης της πολιτικής αυτής, έχει η Επιτροπή Ερευνών. Στις αρμοδιότητες της Επιτροπής Ερευνών συμπεριλαμβάνεται και η διαχείριση ερευνητικών προγραμμάτων. Στο πλαίσιο αυτό, η Γραμματεία του Ειδικού Λογαριασμού Έρευνας (ΕΑΕ) ενημερώνει το διδακτικό και ερευνητικό προσωπικό του Πανεπιστημίου για ενδεχόμενες πηγές χρηματοδότησης, ενθαρρύνει την υποβολή προτάσεων για συγκεκριμένα προγράμματα έρευνας, κατευθύνει και καθοδηγείτο προσωπικό του Πανεπιστημίου ως προς τις διαδικασίες χρηματοδότησης και την εξεύρεση των σχετικών πόρων.