To Συμβούλιο του Πανεπιστημίου Αιγαίου αποτελείται από δεκαπέντε μέλη σύμφωνα με τον Ν. 4009/11 (ΦΕΚ 195 Α/6-9-11, όπως τροποποιήθηκε με τον Ν.4076/12 (ΦΕΚ 159 Α/10-8-12).

Τα εννέα μέλη του δεκαπενταμελούς Συμβουλίου, είναι εσωτερικά μέλη του ιδρύματος και ειδικότερα οκτώ μέλη είναι καθηγητές πρώτης βαθμίδας ή αναπληρωτές καθηγητές και ένα μέλος είναι εκπρόσωπος των φοιτητών του ιδρύματος. Τα υπόλοιπα έξι μέλη είναι εξωτερικά.

Ο Πρύτανης του Ιδρύματος μετέχει, χωρίς δικαίωμα ψήφου, στις συνεδριάσεις του Συμβουλίου. Στις συνεδριάσεις του Συμβουλίου του ιδρύματος μετέχει, χωρίς δικαίωμα ψήφου, ένας εκπρόσωπος κάθε κατηγορίας προσωπικού του Ιδρύματος όταν συζητούνται θέματα που αφορούν την οικεία κατηγορία προσωπικού.

Το Συμβούλιο του Πανεπιστημίου Αιγαίου συγκροτήθηκε σε Σώμα ύστερα από την έκδοση του   ΦΕΚ 82/28-02-13 και  απαρτίζεται από τους : 

Θωμαδάκη Σταύρο, Ομότιμο Καθηγητή, Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, ως Πρόεδρο Συμβουλίου

Ζούρο Νικόλαο, Καθηγητή, Σχολή Κοινωνικών Επιστημών Πανεπιστημίου Αιγαίου, ως Αναπληρωτή Πρόεδρο

Burmester Michael, Καθηγητή, Florida State University, U.S.A

Γεωργόπουλο Δημήτριο, Διευθυντή Ερευνών στο Ελληνικό Κέντρο Θαλάσσιων Ερευνών

Ζερβάκη Βασίλειο, Αναπληρωτή Καθηγητή, Σχολή Περιβάλλοντος Πανεπιστημίου Αιγαίου

Κούστα Ιωάννη, Πρόεδρο και Διευθύνων Σύμβουλο της DANAOS SHIPPING CO LTD

Λεκάκου Μαρία, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια, Σχολή Επιστημών της Διοίκησης Πανεπιστημίου Αιγαίου

Μήτρου Ευαγγελία, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια, Σχολή Θετικών Επιστημών Πανεπιστημίου Αιγαίου

Μπαντιμαρούδη Φιλήμονα, Αναπληρωτή Καθηγητή, Σχολή Κοινωνικών Επιστημών Πανεπιστημίου Αιγαίου

Μπότσογλου Χρόνη, Ομότιμο Καθηγητή και τ. Πρύτανη ΑΣΚΤ

Σάμιτα Αριστείδη, Αναπληρωτή Καθηγητή, Σχολή Επιστημών της Διοίκησης Πανεπιστημίου Αιγαίου

Σοφό Αλιβίζο, Αναπληρωτή Καθηγητή, Σχολή Ανθρωπιστικών Επιστημών Πανεπιστημίου Αιγαίου

Τουραμάνη-Δουραμάνη Χριστόφα, Καθηγητή, University of Liverpool, U.K

Τσιρτσή Γεώργιο, Αναπληρωτή Καθηγητή, Σχολή Περιβάλλοντος Πανεπιστημίου Αιγαίου.