Η βασική οργανωτική δομή των Υπηρεσιών του Πανεπιστημίου Αιγαίου είναι τύπου μήτρας. Σε κεντρικό οργανωτικό επίπεδο λειτουργούν οι Κεντρικές Διευθύνσεις και σε περιφερειακό επίπεδο οι Περιφερειακές Διευθύνσεις.

Οι διοικητικές υπηρεσίες του Πανεπιστημίου Αιγαίου διαρθρώνονται στις εξής υπηρεσιακές μονάδες: