H Διοίκηση του Πανεπιστημίου ασκείται από το Συμβούλιο, τον Πρύτανη και τη Σύγκλητο.

Το Συμβούλιο

To Συμβούλιο του Πανεπιστημίου Αιγαίου αποτελείται από δεκαπέντε μέλη σύμφωνα με τον Ν. 4009/11 (ΦΕΚ 195 Α/6-9-11, όπως τροποποιήθηκε με τον Ν.4076/12 (ΦΕΚ 159 Α/10-8-12).

Τα εννέα μέλη του δεκαπενταμελούς Συμβουλίου, είναι εσωτερικά μέλη του ιδρύματος και ειδικότερα οκτώ μέλη είναι καθηγητές πρώτης βαθμίδας ή αναπληρωτές καθηγητές και ένα μέλος είναι εκπρόσωπος των φοιτητών του ιδρύματος. Τα υπόλοιπα έξι μέλη είναι εξωτερικά.

Ο Πρύτανης του Ιδρύματος μετέχει, χωρίς δικαίωμα ψήφου, στις συνεδριάσεις του Συμβουλίου. Στις συνεδριάσεις του Συμβουλίου του ιδρύματος μετέχει, χωρίς δικαίωμα ψήφου, ένας εκπρόσωπος κάθε κατηγορίας προσωπικού του Ιδρύματος όταν συζητούνται θέματα που αφορούν την οικεία κατηγορία προσωπικού.

Το Συμβούλιο του Πανεπιστημίου Αιγαίου συγκροτήθηκε σε Σώμα ύστερα από την έκδοση του   ΦΕΚ 82/28-02-13 και  απαρτίζεται από τους : 

Θωμαδάκη Σταύρο, Ομότιμο Καθηγητή, Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, ως Πρόεδρος Συμβουλίου

Ζούρο Νικόλαο, Αναπληρωτή Καθηγητή, Σχολή Κοινωνικών Επιστημών Πανεπιστημίου Αιγαίου ως Αντιπρόεδρος Συμβουλίου,

Burmester Michael, Καθηγητή, Florida State University, U.S.A

Γεωργόπουλο Δημήτριο, Διευθυντή Ερευνών στο Ελληνικό Κέντρο Θαλάσσιων Ερευνών

Ζερβάκη Βασίλειο, Αναπληρωτή Καθηγητή, Σχολή Περιβάλλοντος Πανεπιστημίου Αιγαίου

Κούστα Ιωάννη, Πρόεδρο και Διευθύνων Σύμβουλο της DANAOS SHIPPING CO LTD

Λεκάκου Μαρία, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια, Σχολή Επιστημών της Διοίκησης Πανεπιστημίου Αιγαίου

Μήτρου Ευαγγελία, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια, Σχολή Θετικών Επιστημών Πανεπιστημίου Αιγαίου

Μπαντιμαρούδη Φιλήμων, Αναπληρωτή Καθηγητή, Σχολή Κοινωνικών Επιστημών Πανεπιστημίου Αιγαίου

Μπότσογλου Χρόνη, Ομότιμο Καθηγητή και τ. Πρύτανη ΑΣΚΤ

Σάμιτα Αριστείδη, Αναπληρωτή Καθηγητή, Σχολή Επιστημών της Διοίκησης Πανεπιστημίου Αιγαίου

Σοφό Αλιβίζο, Αναπληρωτή Καθηγητή, Σχολή Ανθρωπιστικών Επιστημών Πανεπιστημίου Αιγαίου

Τουραμάνη-Δουραμάνη Χριστόφα, Καθηγητή, University of Liverpool, U.K

Τσιρτσή Γεώργιο, Αναπληρωτή Καθηγητή, Σχολή Περιβάλλοντος Πανεπιστημίου Αιγαίου.

Ο Πρύτανης

Ο Πρύτανης εκπροσωπεί και διευθύνει το Πανεπιστήμιο, έχει την ευθύνη για την εύρυθμη λειτουργία των υπηρεσιών του, συγκαλεί τη Σύγκλητο και μεριμνά για την υλοποίηση των αποφάσεών της. Στο έργο του αυτό συνεπικουρείται από τους τρεις Αντιπρυτάνεις

H Σύγκλητος

Σύμφωνα με τον Ν. 4009/11 (ΦΕΚ 195 Α/6-9-11, όπως τροποποιήθηκε με τον Ν.4076/12 (ΦΕΚ 159 Α/10-8-12) και τον 4115/13 (ΦΕΚ 24 Α /30-01-2013) και ισχύει, η  Σύγκλητος απαρτίζεται από :

• τον Πρύτανη του Πανεπιστημίου,
• τους  Κοσμήτορες των Σχολών,
• τους Προέδρους των Τμημάτων (μέχρι 2 ανά Σχολή) με διετή θητεία μη ανανεούμενη, με εναλλαγή των σχολών και μέχρις ότου εξαντληθεί το σύνολο των Τμημάτων  κάθε Σχολής. Ο τρόπος καθορισμού της εκπροσώπησης των Προέδρων ορίζεται με απόφαση του Πρύτανη η οποία εκδίδεται άπαξ,
• έναν εκπρόσωπο των προπτυχιακών και έναν των μεταπτυχιακών φοιτητών, καθώς και έναν εκπρόσωπο των υποψήφιων διδακτόρων,
• έναν εκπρόσωπο των μελών Ε.Ε.Δ.Ι.Π., των μελών Ε.Τ.Ε.Π. και του Διοικητικού Προσωπικού με διετή θητεία που συμμετέχει με δικαίωμα ψήφου όταν συζητούνται θέματα που αφορούν ζητήματα της αντίστοιχης κατηγορίας προσωπικού.

Η ακριβής σύνθεση και ο αριθμός των μελών της Συγκλήτου με δικαίωμα ψήφου, και κάθε θέμα σχετικό με την εφαρμογή των ανωτέρω, προβλέπονται στον Οργανισμό και στον Εσωτερικό Κανονισμό του Ιδρύματος.

Στις συνεδριάσεις της Συγκλήτου παρίστανται, χωρίς δικαίωμα ψήφου οι αναπληρωτές του Πρύτανη, καθώς και ο γραμματέας του Ιδρύματος.

Για περισσότερες πληροφορίες επισκεφτείτε την ιστοσελίδα της Συγκλήτου: